Занимает площадь 648,7 тыс. га, имеет по периметру 2-х километровую
охранную зону площадью 98,9 тыс. га. Территория заповедника включает часть
бассейнов рек Негусъях и Малый Юган – правых притоков, впадающего в Обь,
Большого Югана. Центральная усадьба заповедника расположена в пос. Угут,
наиболее крупным населенным пунктом вблизи заповедника с населением около 2
тысяч человек. Удаленность ближайшей и самой дальней точек заповедника от
центральной усадьбы составляет 30 и 160 км. Вблизи границ заповедника вдоль
рек традиционно живут немногочисленные семьи ханты. Лексные научные
исследования проводятся на двух стационарах: «Вуяяны» и «Когончины-2».
Здесь заложены учетные и фенологические маршруты, пробные площади,
проводятся работы по кольцеванию птиц.
С позиций сегодняшнего дня отчетливо видны своевременность создания
заповедника и разумно спланированные проектировщиками границы. Во времена
организации заповедника в южной левобережной части Сургутского района
практически отсутствовала какая-либо промышленность. В настоящее время
заповедник окружен нефтегазовыми месторождениями, большинство из которых
уже выставлены на тендер или сданы в аренду.
                        Растительный мир заповедника
Растительность заповедника относится к Обь-Иртышской геоботанической
провинции среднетаежной под зоны таежной зоны.
Зональным типом коренных лесных сообществ водоразделов являются елово-
кедровые с пихтой леса. Коренные леса в основном выгорели во время
катастрофических лесных пожаров прошлого века, сохранились лишь небольшие
участки. Елово-кедровые с пихтой леса имеют одно- или двухъярусное
строение. Первый ярус состоит из кедра, пихты, ели. Иногда в первом ярусе
присутствует второе поколение кедра. Древостой разрежен из-за того, что
старовозрастные ель и пихта отмирают; много сухостоя и валежника. Второй
ярус образован теми же хвойными породами более поздних генераций, выражен
весьма слабо или совсем отсутствует. Иногда второй ярус как таковой не
выражен, отдельные деревья растут в окнах, образовавшихся при отмирании
деревьев первого яруса. Напочвенный покров в этих лесах имеет мелкотравно-
зеленомошный состав.
На большей части территории заповедника преобладают вторичные леса,
представляющие различные стадии после пожарной сукцессии коренных лесов.
На водоразделах реки Негусъях преобладают мелкотравно-зеленомошные осиновые
леса; занимают повышенные формы рельефа с легко- и среднесуглинистыми
подзолистыми почвами. Первый ярус этих лесов представлен преимущественно
осиной в возрасте 130-140 лет. В состав древостоя входит сосна, кедр,
береза, единично ель и пихта. Осины, в большинстве своем, поражены грибными
болезнями, поэтому находятся сейчас на стадии отмирания. Второй ярус
образован темнохвойными породами: кедром, елью, пихтой. Возраст второго
яруса 100-120 лет. Наиболее характерными в травяно-кустарничковом ярусе
являются виды таежного мелкотравья. Проективное покрытие трав и
кустарничков от 15 до 30%. В моховом покрове доминируют гилокомиум
блестящий, плевроциум Шребера. Постоянно присутствуют политрихум
обыкновенный, дикраниум многоножковый.
Другим распространенным видом производных лесов являются сосновые леса,
которые преобладают на водораздельных поверхностях рек Вуяяны и Малый Юган.
Они расположены на хорошо дренированных холмах и подстилаются
легкосуглинистыми и супесчаными оподзоленными почвами. Первый ярус
образован сосной, иногда с участием кедра и березы бородавчатой. Второй
ярус темнохвойный или отсутствует. Травяно-кустарничковый ярус сомкнут на
25-35%. Преобладают кустарнички: черника, брусника, багульник, кроме того,
большая доля таежного мелкотравья: осоки шаровидной, хвоща лесного, линнеи
северной.
Сосняки лишайниковые (сосновые боры) в заповеднике почти отсутствуют.
На центральных слабо дренированных частях междуречий преобладают
олиготрофные сфагновые болота с грядово-мочажинными и грядово-мочажинно-
озерковыми фитоценозами, занимающие плоские вершины и пологие склоны
крупных болотных массивов. На более крупных склонах болот и не
дренированных междуречьях развиваются сосново-кустарничково-сфагновые
группы формаций (рямы). Микрорельеф рямов кочковатый, кочки занимают 40%
поверхности, высота кочек 0,4-0,7 м.
Осоково-гипновые болота низинного и переходных типов имеют в заповеднике
небольшое распространение.
Равнинность территории, удаленность от биогеографических (зональных) границ
определяет небольшое флористическое разнообразие. Сосудистых растений на
территории заповедника отмечено 334 вида, мхов – 113 видов, лишайников –
165 видов.
                         Флористическое разнообразие
|Группа растений                       |Число       |            |      |
|                                      |видов       |родов       |      |
|Грибы                                 |116         |219         |      |
|- аскомицеты                          |13          |14          |      |
|- базидиомицеты                       |103         |205         |      |
|Лишайники                             |44          |165         |      |
|Всего низших растений                 |160         |384         |      |
|Мохообразные                          |47          |113         |      |
|Сосудистые                            |189         |334         |      |
|- папоротникообразные                 |11          |18          |      |
|- голосеменные                        |5           |6           |      |
|- покрытосеменные                     |173         |310         |      |
|Из них синантропных                   |            |18          |      |
|Всего высших растений                 |236         |446         |      |
  В таблице приведено количество родов и видов, достоверно установленных в
                      заповеднике к настоящему времени.
Из видов растений и грибов, занесенных в Красную книгу, в заповеднике
встречаются: лобария легочная, надбородник безлистный, рогатик пестиковый и
ежевик коралловидный.
                                Животный мир
Изучение  териофауны  на  территории  заповедника  началось  с   1984   года
сотрудниками научного отдела. К 1999 году зафиксировано  обитание  36  видов
млекопитающих, принадлежащих к 6 отрядам и 13 семействам.
Среди насекомоядных обычны и наиболее многочисленны представители  семейства
землеройковых, предпочитающие темнохвойные пойменные леса, их численность  в
сосновых лесах значительно ниже. Наиболее часто встречаются  обыкновенная  и
малая бурозубки, численность  равнозубой  и  средней  бурозубок  значительно
ниже. Бурозубка-крошка очень редка, ежегодно  отлавливаются  лишь  единичные
особи. По берегам рек и ручьев водится кутора.
Рукокрылые  представлены  семейством  гладконосых  летучих  мышей.  Отмечено
обитание единственного  вида  –  северного  кожанка,  иногда  попадающего  в
паутинные сети при отлове птиц для кольцевания.
Отряд грызунов представлен 15 видами.
Численность белки в  регионе  (как  и  во  всем  ареале)  подвержена  резким
подъемам и спадам. Основным фактором, определяющим  ее  колебания,  является
трофический. Динамика численности имеет огромный  размах  в  зависимости  от
урожая  основных  кормов,  достигая  по   годам   10-12-кратного   изменения
численности популяции. В неурожайные для хвойных  растений  годы  отмечаются
массовые миграции, в ходе которых  численность  белки  на  непродолжительное
время в проходных биотопах поднималась до 500 особей на 1000 га.
Бурундук также распространен по всей  лесопокрытой  площади  заповедника.  В
оптимальные годы он достигает численности 20-30  особей  на  1  км2.  Широко
распространена, но  малочисленна  летяга.  Из-за  сумеречного  образа  жизни
регистрируется редко, предпочитает пойменные смешанные биотопы.
Важной составляющей фауны  таежных  биотопов  являются  мышевидные  грызуны,
служащие  основной  пищей  для  различных  хищников.  В  отловах  доминирует
красная полевка, особенно высокой  численности  она  достигает  в  пойменных
темнохвойных и сосновых зеленомошно-ягодниковых  лесах  в  период  массового
урожая ягод и кедровых орехов, когда посещаемость ловушек  иногда  достигает
100%. Рыжая  полевка  встречается  значительно  реже  и  в  гораздо  меньшем
количестве.   Очень   немногочисленна   красно-серая   полевка,   еще   реже
встречаются лесная и полевая мыши, а также темная  полевка.  В  заболоченных
биотопах и на окраинах болот встречаются полевка-экономка и лесной  лемминг.
Лесная мышовка обычно тяготеет к речным поймам, питаясь различными  семенами
и ягодами. По  берегам  ручьев  и  рек  с  густой  травяной  растительностью
обитает водяная полевка, иногда образуя колониальные поселения.
Ондатра была акклиматизирована в Ханты-Мансийском округе в 1933-1937  гг.  и
быстро  достигла  промысловой  численности.   Однако   из-за   эпизоотий   и
неограниченного  промысла  ее  запасы  к  настоящему   времени   значительно
снизились. В заповеднике ондатра заселяет реки, старицы и озера  практически
по всей площади, однако высокой численности нигде не достигает.
В прошлом в междуречье Большого и Малого Югана  жили  речные  бобры.  Сейчас
ближайшим районом их обитания  является  бассейн  реки  Демьянки  к  югу  от
заповедника. По непроверенным данным следы жизнедеятельности бобров  в  1998
году отмечены вблизи охраняемой территории, в 15 км  от  юго-западного  угла
заповедника.
Единственным представителем зайцеобразных является  заяц-беляк.  Встречается
во  всех  биотопах,  включая  обширные   водораздельные   болота.   Наиболее
излюбленные  места  –  поймы  рек  с  густыми  зарослями   ивняка,   где   в
благоприятные годы достигает плотности населения до 50 особей  на  1000  га.
Из  хищных   млекопитающих   в   заповеднике   обитает   13   видов.   Самый
многочисленный  представитель  семейства  куньих,  насчитывающего  8  видов,
соболь, запас которого в благоприятные годы составляет 2-2,5 тысячи  особей.
Соболь относится к так  называемому  тобольскому  кряжу,  характеризующемуся
крупными размерами и светлой окраской меха. Отдельные самцы  достигают  веса
более  1  кг.  Встречается  повсеместно,  однако  предпочитает  лесопокрытые
районы. Максимальной численности (до7-8  особей  на  1000  га)  достигает  в
пойменных кедрово-еловых и  елово-березовых  с  пихтой  и  кедром  лесах,  в
сосновых и смешанных лесах плотность населения несколько  ниже  (4-5  особей
на 1000 га). Численность подвержена значительным колебаниям,  в  зависимости
от  урожайности  и  доступности  основных  кормов  –  мышевидных   грызунов,
кедрового ореха, различных ягод.
Колонок в заповеднике очень редок,  и  отмечаются,  как  правило,  единичные
встречи следов в зимний период. Другие мелкие куньи  –  ласка  и  горностай,
встречаются гораздо чаще. Численность ласки за  последние  годы  значительно
возросла.  Предпочитая  темнохвойные  и  сосновые  леса,  она  охотно  также
посещает и обширные болота. Отмечены  случаи  прямого  преследования  мелких
куньих более сильным соболем, который вытесняет их из некоторых биотопов.
Барсук – очень редкий на территории заповедника  вид,  численность  которого
невысока. Ежегодно отмечаются лишь единичные встречи самих зверей  и  следов
их жизнедеятельности по всей территории.
Обычна и широко распространена росомаха. В заповеднике обитает  около  20-30
животных.
Впервые американская норка в округе была выпущена в 1940  году.  С  тех  пор
она многократно размножилась и заняла  все  пригодные  местообитания.  Выдра
встречается значительно  реже,  однако  также  является  обычным  обитателем
многих водоемов заповедника.
Во время зимних  миграций  возможен  заход  в  заповедник  песца.  В  поймах
крупных и средних рек обычна лисица, численность которой в  последнее  время
повысилась. Изредка отмечаются встречи с животными, имеющими темную  окраску
меха, так называемыми чернобурками. Большинство сведений  о  таких  встречах
поступает с р.Малого Югана.
Редок в заповеднике волк. Его распространение ограничивает низкая  плотность
копытных и глубокоснежные зимы. Ежегодно отмечаются лишь  единичные  встречи
пар и одиночек, часто пасущих стада северных оленей.
На охраняемой территории и в прилегающих  районах  очень  редко  встречается
рысь.
Повсеместно встречается бурый медведь. Стациальное  размещение  и  плотность
зависят от наличия и сроков созревания основных кормовых растений. Весной  и
осенью он часто встречается  на  открытых  болотах.  Плотность  популяции  в
оптимальных биотопах составляет около 0,9 особей на 1000 га.
Копытные представлены двумя аборигенными видами – лосем и  северным  оленем.
В  1990-1991  гг.  в  заповеднике  были  отмечены  единичные  особи  кабана,
предположительно   расселившегося   из   партии,   выпущенной   в   бассейне
р.Демьянки. Однако кабаны здесь не прижились,  последние  следы  отмечены  в
1992 году.
Численность северного оленя по результатам авиаучетов за  последние  10  лет
значительно снизилась.  Основной  причиной  этого  –  возросший  в  связи  с
расширением нефтегазодобычи вблизи границ заповедника  фактор  беспокойства.
По результатам последних  авиаучетов  в  1996  году  плотность  популяции  в
болотных биотопах составила 1,1 особи на 1000 га.
Излюбленные местообитания лося – пойменные темнохвойные  и  смешанные  леса.
Обилие подроста мелколиственных пород  привлекает  его  на  возобновляющиеся
гари и  старые  вырубки.  Охотно  использует  для  передвижения  и  кормежки
сейсмологические   профили,   прорубленные   до   организации   заповедника.
Максимальной плотности достигает в бассейне  р.Негусъях,  до  1,2  особи  на
1000 га.
Фауна земноводных в заповеднике насчитывает 4  вида.  Широко  распространены
серая жаба и остромордая лягушка, а также  сибирский  углозуб.  Очень  редко
встречается сибирская лягушка.
Из пресмыкающихся отмечены 2  вида  –  ящерица  живородящая  и  обыкновенная
гадюка. Ящерица живородящая – обычный  в  заповеднике  вид,  встречается  по
всей территории, предпочитает хорошо освещенные, разреженные лесные  участки
и опушки болот. Гадюка обыкновенная – обычна, в  определенные  годы  местами
многочисленна, предпочитает влажные биотопы, часто  встречается  по  берегам
озер, стариц, в кочкарниках  на  опушках  леса  вблизи  болот,  на  верховых
болотах.
                                                Птицы
Основными направлениями орнитологических исследований в заповеднике
являются инвентаризация орнитофауны, фенология птиц, кольцевание, контроль
за состоянием популяций видов, включенных в Красную книгу России, изучение
вопросов динамики численности и др. На стационаре Когончины-2 в пойме
р.Негусъях проводится отлов птиц паутинными сетями для кольцевания. В
течение 10 лет в заповеднике окольцована 13531 особь 103 видов птиц.
На территории заповедника отмечено 93 вида отряда воробьиных (вместе с
залетными).
Тетеревиные Юганского заповедника представлены типичными таежными видами –
рябчик, тетерев, глухарь и белая куропатка. Известны редкие залеты
перепела, относящегося к семейству фазановых.
Единственным представителем семейства аистовых является черный аист –
представитель Красной книги России. Он хотя и редко, но регулярно
встречающийся в заповеднике и в регионе. Очень редко встречается большая
выпь из семейства цапель.
Еще в начале 20 века на территории Сургутского района обычным был белый
журавль (стерх). Теперь он здесь не встречается. Единственным
представителем семейства журавлиных является серый журавль, гнездящийся в
небольшом количестве на обширных болотах. Чаще встречаются в заповеднике
другие представители этого отряда – виды семейства пастушковых: коростель,
погоныш. В регион также залетают лысуха и камышница.
В заповеднике встречается гусь-гуменник таежного подвида. Гуменник из
заповедника зимует в Голландии (имеется возврат кольца), т.е. на территории
округа гнездится гуменник западного подвида, более малочисленного, чем
восточный. Достаточно широко распространен лебедь-кликун. В последние годы
стали отмечаться залеты пеганки, которую относят к группе видов, активно
осваивающих новые территории.
Самым массовым видом утиных является чирок-свистунок. Он заселяет все
водоемы – поймы рек, озера и озерки среди болот. Ему несколько уступает в
численности гоголь, который также заселяет все типы водоемов. Сильно
варьирует численность свиязи. Но в целом этот вид относится к группе
обычных, как и шилохвость, которая заселяет болота с озерками. Группу
немногочисленных видов составляют чирок-трескунок, луток, хохлатая чернеть,
красноголовый нырок. Кряква, обычная в других местах, в условиях таежных
междуречий с узкими поймами встречается редко. На пролете перечисленные
виды дополняют морская чернеть, морянка, турпан, синьга, большой и средний
крохали, белолобый гусь, а также пискулька и краснозобая казарка,
занесенные в Красную книгу.
Самыми обычными приречными видами отряда Ржанкообразных являются перевозчик
и черныш. На болотах полуколониально гнездятся большие веретенники
совместно с чибисами, фифи, турухтанами и обыкновенными бекасами. В глубине
болотных массивов обычны средние кроншнепы. Отдельно от других видов на
болотах у небольших озерков гнездится большой улит. Изредка на реках
заповедника встречается мородунка, а на болотах длиннопалый песочник,
гаршнеп и обыкновенный дупель. В последнее десятилетие отмечено сокращение
численности единственного лесного кулика – вальдшнепа. Известны залеты
лесного дупеля. Кулик-сорока, изредка встречающийся на пролете, требует
уточнения подвидовой принадлежности. Материковый подвид кулика-сороки,
включен в последнее издание Красной книги. Группу пролетных дополняют
бурокрылая ржанка, галстучник, зуёк, щёголь и др. Гнездование зуйка
известно на Большом Югане. Большой кроншнеп встречается редко.
Чаще всего объектами наблюдений из отряда Соколообразных являются редкие,
но хорошо заметные в природе виды – орлан-белохвост и скопа. Беркут
встречается редко. Крайне редко, и только на пролете, встречается сапсан.
Пребывание кречета на территории заповедника нуждается в подтверждении. Все
эти виды – представители Красной книги России. Самыми обычными
представителями дневных хищников являются перепелятник и чеглок. Достаточно
обычны – осоед, полевой лунь и обыкновенный канюк. Тетеревятник чаще
встречается в зимнее время и на пролете осенью. В летнее время встречи с
ним редки. На пролете обычным видом является зимняк и дербник. Известен
залет кобчика.
Отряд Совообразных на территории заповедника представлен 7 видами. Филин –
самая крупная сова – включен в последнее издание Красной книги России. В
последнее время самыми обычными совами являются бородатая неясыть и
мохноногий сыч. Длиннохвостая неясыть немногочисленна. Самая маленькая сова
– воробьиный сыч, достаточно обычен. Самой малочисленной совой является
ястребиная. Болотная сова, совершающая регулярные сезонные миграции, очень
подвержена колебаниям численности.
                                    Рыбы
На территории заповедника отмечено постоянное обитание 10 видов рыб, и еще
2 вида изредка регистрируются в прилегающих районах. В различных водоемах
заповедника встречаются щука, окунь, ерш, плотва сибирская, язь, елец,
золотой и серебряный караси, а также пескарь и гольян. На Большом Югане
очень редко отлавливались нельма и налим.